عرفت الواحات منذ أقدم العصور فهي البوابة الرئيسية لحدود مصر الغربية و الجنوبية ويمر بها أقدم طريق تجارى يربط مصر بالجنوب الأفريقي وهو طريق درب الأربعين الذي كانت تقطعه القوافل التجارية في أربعين يوماً.
وعرفت واحة الخارجة باسم " هبت " وتعنى المحراث لكونها تشتهر بالزراعة , وعرفت واحة الداخلة باسم " كنمت " بمعنى التربة السوداء أي أنسب أنواع التربة للزراعة , أما واحة الفرافرة فقد عرفت باسم " تا - أخت " أي أرض البقرة مما يدل على أن الواحات كانت أرض زراعية موفورة الخير فى العصور القديمة .
وقد عاش الإنسان فى هذه الواحات منذ عصور ما قبل التاريخ ويدل على ذلك آثار جبل الطير بالخارجة وكهف جارة بالفرافرة . وفى العصور الفرعونية كانت الواحات من الأقاليم الهامة التي يحكمها فرعون مصر لكونها خط الدفاع الأول عن مصر من الناحيتين الجنوبية و الغربية وتظهر الآثار الفرعونية فى مناطق متفرقة من الواحات لعل من أهمها معبد هيبس بالخارجة ومنطقة بلاط بالداخلة .
وفى عصر البطالمة كان للواحات دوراً هاماً في ازدهار الزراعة . وتظهر آثارهم على طول درب الأربعين وأهمها معبد الغويطة . وجاء عصر الرومان الذين اهتموا بالواحات اهتماماً كبيراً لكونها غنية بالزراعة ووفرة المياه وتظهر أثارهم في معبد دوش و معبد دير الحجر و معبد الزيان .
وفى القرنين الثالث والرابع الميلادي جاء إلى الواحات الكثير من المسيحيين الفارين من اضطهاد الرومان لعقيدتهم المسيحية وعاشوا فيها بسلام وخلفوا لنا آثاراً هامه تتمثل فى منطقة البجوات بالخارجة .
وفى العصر الحديث وتحديدا في الثالث و العشرين من ديسمبر 1958 أعلن الزعيم الراحل / جمال عبد الناصر عن مولد الوادي الجديد وأنشأت الهيئة العامة لتعمير الصحارى عام 1959 ووصلت أول قافلة للتعمير في 3 أكتوبر 1959 و أعتبر هذا التاريخ عيداً قومياً للمحافظة.
ففي هذا اليوم التاريخى المجيد وصلت أول قافلة لتعمير الصحارى فى عام 1959م وإنطلقت شرارة البدء للعمل بكل قوة وإصرار لتعمير الصحراء وتحقيق التنمية الشاملة .